Kedua, Episkopal.
Ini berasal dari kata “episkopas” yang diterjemahkan dengan kata “uskup.” Sistem keuskupan. Dalam jemaat ada pemerintahan oleh uskup-uskup. Seorang uskup sebenarnya adalah pendeta yang diangkat lebih tinggi.
Dalam sistem keuskupan, anggota-anggota gereja memiliki pendeta-pendeta. Dan beberapa pendeta yang diangkat lebih tinggi menjadi uskup. Urutannya : anggota – pendeta – uskup. Uskup-uskup itulah yang memerintah gereja. Contoh gereja-gereja yang memakai sistem ini ialah gereja Anglikan, gereja Metodis, dan beberapa gereja lain. Di Indonesia tidak banyak ditemui gereja yang memakai sistem keuskupan.
Ketiga, Presbiterian.
Dalam sistem ini pemerintah gereja dipegang oleh para “presbutor” yaitu ketua-ketua. Di sini pendeta dimasukkan sebagai salah satu ketua. Dalam sistem ini ada sinode, majelis gereja, yang memerintah gereja. Misalnya di Indonesia ialah gereja-gereja GPIB, GKI, GKT, dan sebagainya.
Keempat, Congregational.
Tekanan dalam sistem ini ialah keotonomian jemaat setempat. Kalau mau sistem yang paling demokrasi, barangkali sistem ini yang paling dekat. Anggota-anggota gereja-lah yang menentukan segala-galanya. Tidak diadakan sinode, majelis dan sebagainya. Semua anggota jemaat setempat mempunyai hak yang sama. Contoh gereja ini misalnya Gereja Baptis.
Dari keempat bentuk organisasi gereja di atas, cara kepausan tidak sesuai dengan Alkitab.
Sedangkan ciri-ciri dari sistem yang lain ada di dalam Alkitab. Ada contoh di mana rasul-rasul ---seperti uskup-uskup--- memerintah. Ada contoh di mana ketua memerintah. Ada contoh di mana anggota-anggota jemaat setempat memerintah.
Dari contoh-contoh ini rupanya Tuhan tidak begitu terikat pada satu sistem saja. Bila kita mengatakan hanya ada satu sistem saja dalam cara mengatur jemaat, kita akan kecewa. Memang ada prinsip-prinsip yang harus dipakai, tetapi tidak boleh mengatakan harus persis begini, atau begitu.
Yang paling penting dalam pemerintahan jemaat, harus diperhatikan bahwa apabila hanya manusia yang memerintah, bisa salah sekali. Tetapi apabila Kristus betul-betul dijadikan Kepala Jemaat yang ditaati dan pimpinanNya senantiasa dicari serta diikuti, dapat menjadi jalan berkat bagi kita semua.
Dalam Perjanjian Baru, Jemaat Setempat Otonom Adanya.
Ini berarti bahwa jemaat setempat sendiri bertanggung jawab atas pelayanan dan keuangan mereka.
Dalam gereja-gereja sekarang, ada semacam “pusat” bagi beberapa gereja setempat yang menyatukan diri dalam satu wadah organisasi. Pusat yang sebenarnya ialah Yesus Kristus!
Tetapi tentu ada baiknya bila di antara gereja-gereja setempat yang bertebaran di mana-mana diadakan semacam persekutuan. Sehingga walaupun setiap gereja otonomi sifatnya, namun satu sama lain tetap saling bersatu sebagai tubuh Kristus. Persekutuan dalam Kristus ini harus tetap menjadi prioritas utama dan harus berada di atas aliran denominasi gereja bahkan di atas keotonoman gereja setempat.
Tuhan tidak begitu memperhatikan dinding organisasi yang kita bangun. Ia rindu melihat suatu persekutuan luas yang didasarkan atas hidup di dalam Roh. Inilah yang akan saling menguatkan dan mendorong. Janganlah keotonoman gereja setempat dijadikan alasan untuk mengisolir diri dari jemaat Tuhan Yesus keseluruhannya. <>
